La utilización de la Citometría de Flujo en la monitorización de bioprocesos microbianos aún no es una práctica habitual en los laboratorios de investigación en el área de fermentaciones, en la Península Ibérica. Sin embargo, las ventajas de la utilización de esta poderosa herramienta en el desarrollo de un bioproceso nuevo, sea en el laboratorio o a escala industrial, compensan los costes de utilización de esta técnica. Si las técnicas clásicas de detección de crecimiento celular consideran los cultivos microbianos como poblaciones perfectamente homogéneas en lo que se refiere a su fisiología, obteniéndose un valor mediano para toda la población (p.ej. peso seco, densidad óptica), la citometría de flujo analiza las células individualmente, en tiempo casi real, y con altísima precisión estadística, diferenciando células en diferentes estados metabólicos (muerte, vida y estados durmientes, entre la vida y la muerte) y dando informaciones en lo que se refiere a la heterogeneidad de estados metabólicos del cultivo. Así, sí a lo largo de la evolución de un determinado bioproceso se obtiene la información at-line sobre el estado metabólico de las células, será posible modificar la estrategia del control del proceso (modificando la alimentación, la tasa de aireamiento (burbujeo), agitación y mezcla, etc.) con el fin de obtener la máxima productividad, lo que no es posible si el proceso es monitorizado utilizando las técnicas clásicas, con resultados de análisis disponibles horas (ó días) después de la recogida de la biomasa.
Este enfoque nuevo es una herramienta fundamental en estudios de escaleo y podrá contribuir de forma decisiva al incremento de la productividad en todo el proceso biotecnológico industrial.


En el área de la Bíodiversidad, la citometría de flujo es aplicada en la determinación del tamaño del genoma y nivel de ploidía, variables que suministran información importante para los estudios de sistemática y ecología de organismos vivos, especialmente desarrollados en plantas. La determinación del nivel de ploidía se ha revelado particularmente importante en estudios sobre el papel y impacto de la poliploidización como mecanismo de la especiación simpátrica en la evolución y diversificación de las plantas. Contrariamente a los métodos tradicionales de contaje de cromosomas, la citometría de flujo nos permite el análisis de un alto número de individuos a diferentes escalas espaciales, permitiendo la detección de citotipos minoritarios que podrán originar nuevos citotipos, y la detección de complejos poliploides y zonas de contacto que constituyen laboratorios vivos para estudiar fenómenos de especiación simpátrica.